Принято считать, что Шелаево основано в 1723 году, но если верить легенде, уже в 1690 году некто Демьян Кочергин выехал из Шелаевской заимки и основал Нижнюю.
На рубеже XIX—XX веков по берегам Бирюсы, тогда Оны, раскинулось тринадцать деревень, известных под названием Онские поселения. Газета «Сибирь» в первом номере за 1880 год сообщала, что самое большое село на Оне — Шелаевское, состоящее из 26 дворов (в остальных — по десять и менее). Благодаря отдалённости своей оно «как нельзя лучше способствует обитающим в ней звероловам вести жизнь самобытную, патриархальную, установившуюся между ними по обычаям».
Шелаевцы ходили на церковные службы в Чуну, аж за 75 вёрст, потому попросили, чтобы и у них построили храм. 10 ноября 1857 года от епископа Томского и Енисейского Парфения разрешение на строительство было получено — «с образованием в онских селениях самостоятельного прихода, отдельного от прихода Чунекого».
Церковь была заложена 29 мая 1860 года, а уже через год, 25 мая, её освятили. В 1886 году при ней открыли одноклассную церковно-приходскую школу.
В 1911 году Шелаево — волостное село, в нём 65 дворов. В волость входило 26 селений. Основным занятием коренных жителей были охота и рыболовство, а после того как здесь обосновались переселенцы, стало развиваться хлебопашество. В 1915 году открылась почта.
Революционные начинания столиц в таёжном краю подхватили быстро. В 1917 году в Шелаево был организован партком, членами которого были Кононов, Погодин, Лац, Бабахин, Пушкин, Ханжалов. В 1920 году попытались организовать коммуну, но она быстро распалась. В 1924 году был образован Шелаевский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов, отнесённый чуть позже к Шиткинскому району Канского округа (с 1937 года — Шелаевский Совет депутатов трудящихся Шиткинского района Иркутской области).
На войну из села ушли 143 человека, в живых осталось 69. В августе 1984 года в центре села погибшим шелаевцам установили памятник.
С началом 50-х началось укрупнение колхозов и объединение сельских Советов. Объясняли это необходимостью «расширения механизации трудоёмких работ, всестороннего развития и укрепления общего экономического состояния колхозов». С такими благими намерениями в 1960 году объединили мелкие хозяйства: имени Сталина, «Путь Ленина», «Новый путь». Центральную усадьбу нового, укрупнённого колхоза имени Лазо решено было разместить в Шелаево.
Село стало быстро меняться. В 1958 году его электрифицировали, в 62-м построили поликлинику, затем стационар, в 63-м рядом проложили железную дорогу.
В Шелаево находится озеро Солонечное, в двухстах метрах от села. Здесь встречается реликтовое растение чилим, занесённое в Красную книгу.
В настоящее время в Шелаево работают МУП «Шелаевское», школа, детский сад, фельдшерско-акушерский пункт, почта, магазины, хлебопекарни. Люди трудятся, облагораживают свои усадьбы.